在對GMP凈化車間進行檢測的時候，往往都會出現一些潔凈度檢測不達標的情況，有的是車間局部，也有的是整個工程。如果GMP凈化車間潔凈度不達標，雖然甲乙雙方通過整改、調試、清沽等措施，最終達到了要求，但過程中往往浪費了大量的人力、物力和財力，耽誤了工期，延誤了GMP認證的進程。

其實，找到GMP凈化車間潔凈度不達標的原因，很多問題在檢測前是完全可以避免的。廣東合昌總結了，造成GMP凈化車間潔凈度不合格的原因主要有：第一，GMP凈化車間設計不合理。這種情況比較少見，一般是出現在小型的、凈化級別要求不高的凈化車間建造上。在競價激烈的凈化行業，有些施工方為了中標，會在投標中給出較低的報價，后期施工時，偷工減料，導致潔凈度不達標。

還有一個設計造成的GMP凈化車間潔凈度不達標情況，是客戶在施工開始后，又增加了新的要求和凈化面積，這也會使原先的GMP凈化工程設計達不到要求。第二，在GMP凈化車間施工時，施工方采用低檔產品代替了符合標準的產品。根據規定，潔凈度十萬級或者是高于十萬級的凈化車間空氣凈化處理，應采用初效、中效、高效過濾器的三級過濾。而有的施工單位，采用亞高效空氣過濾器代替高效空氣過濾器，從而造成了GMP凈化車間潔凈度不達標。

GMP凈化車間潔凈度不達標的另外一個原因，可能是送風管或過濾器密封不好。出現這種情況，是施工時沒有抓細節導致的，驗收時，表現為在同一系統中某個房間或局部不合格。改進的方法，是用送風管采用漏光試驗法檢漏，過濾器用粒子計數器對過濾器的斷面、封膠、安裝框架進行掃描，找出泄露位置，重新密封。

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